За армейцев Алдонин стал выступать в 2004 году. А уже в 2005 забивал «Партизану» в Кубке УЕФА, крушил вместе с командой лиссабонский «Спортинг» в финале этого престижного турнира, поднимал над головой кубок победителя. Обидел он и «Спартак» в московском дерби, отметившись голом и результативной передачей в том матче. Дальнейшая карьера в ЦСКА вплоть до 2013 года была весьма успешной, Евгений являлся одним из лидеров команды, стабильным игроком основы. Приносил победу в Кубке России, забив «Рубину» на «флажке» матча, в добавленное ко второму тайму время. А на излете столь успешной карьеры успел поиграть за ФК «Мордовия» и «Волга».